Nous allons parler ici des examens par imageries médicales de type scanner ou IRM. Un scanner est une série d’images faites aux rayons X et pour une IRM c’est de la résonance magnétique. Pour une IRM, vous passez dans un énorme aimant extrêmement puissant (attention aux objets métalliques). Quand vous passez l’un de ces examens, vous repartez avec un CD ou DVD que vous donnez à votre médecin ou bien vous avez un code pour aller chercher vos images sur internet. Vous pouvez aussi parfois y accéder avec votre smartphone. Il s’agit le plus souvent d’une série d’images en noir et blanc de type jpeg. Elles sont difficiles à interpréter par des non-spécialistes. C’est là qu’intervient un logiciel dédié. Vous pouvez parfois obtenir la série d’images sous un format dédié, c’est le serveur qui fait la conversion sur demande, par exemple le format DICOM (« Digital Imaging and Communications in Medecine ») qui est le standard de facto pour la gestion d’images médicales, ou NIFTI. Gimp peut lire le format DICOM, mais ce n’est pas très pratique.

Dans le package Debian med-imaging des tas de logiciels sont fournis, comme des logiciels de traitement du signal (du cœur par exemple). Pour lire le format DICOM, nous avons ITK-SNAP, mais nous nous attarderons aujourd’hui sur Invesalius. Il a été nommé ainsi en honneur d’un docteur belge Andreas Vesalius (1514-1564) considéré comme le père de l’anatomie moderne. InVesalius a été développé depuis 2001 par le Centre de Technologie de l’Information Renato Archer (CTI), une unité du Ministère des Sciences et de la Technologie (MCT), du Brésil. Il est disponible pour Windows, GNU/Linux et Mac OS X. La licence est la GNU GPL (General Public License) version 2 et cerise sur le gâteau, il est disponible en français.

Une fois les données converties en DICOM et téléchargées, nous les importons dans Invesalius. C’est un peu long et il faut une bonne machine, car les données font 3 Go. Nous choisissons les données à visualiser. Puis nous pouvons choisir un intervalle de nuance de gris et générer la surface 3D correspondante. On peut ainsi sélectionner les os, cartilagineux ou pas, les organes, les muscles ou la peau. On peut aussi avoir les vaisseaux puisqu’ils injectent de l’iode, un produit de contraste. Les vaisseaux apparaissent alors comme les os. Pour finir, on peut affecter des couleurs à chaque surface créée. On peut alors exporter le tout sous les formats STL, OBJ ou PLY. C’est donc alors bien entendu lisible sous FreeCAD ou Blender.

L’Association Francophone Python (AFPy) organise la PyConFR 2024 du jeudi 31 octobre au dimanche 3 novembre. Pour cette 15^e édition, nous sommes accueillis par l’Université de Mathématique et d’Informatique de Strasbourg (https://mathinfo.unistra.fr/) !

Si vous ne connaissez pas la PyConFR, c’est un évènement gratuit sur 4 jours autour du langage de programmation Python. Tout d’abord, il y a deux jours de développements participatifs (sprints), puis deux jours de conférences et ateliers.

Vous pouvez proposer un sujet de sprint, de conférence ou d’atelier jusqu’au 21 juillet. Peu importe votre niveau en Python, n’hésitez pas à proposer un sujet ! Venez parler de développement logiciel, de diversité, de communauté, faire un retour d’expérience sur un outil, présenter votre projet, un domaine d’activité…

Dans un secteur aussi masculin que le développement informatique, nous proposons aux personnes habituellement peu représentées en conférence de l’aide pour trouver un sujet, rédiger la proposition de conférence, rédiger le support de conférence et pour répéter. Vous pouvez nous contacter à l’adresse diversite@afpy.org si vous pensez en avoir besoin.

Enfin, la PyConFR est entièrement financée par les sponsors. Si vous connaissez des sponsors potentiels, n’hésitez pas à leur parler de l’évènement !